シンガサリ王国のクルタナガラ（英語版）王のもとにモンゴル帝国のクビライの使者が来て朝貢を求めたが、その顔に刺青を入れて送り返したので、1293年にモンゴルのジャワ遠征（英語版）が行われたが、クルタナガラ王はクディリ王家の末裔と呼ばれる当地の領主ジャヤカトワン（英語版）の反乱によって前年1292年に殺されていた。クルタナガラ王の娘婿であったウィジャヤ（英語版）はジャワ北岸のトゥバン（英語版）に上陸した元軍と同盟して、ジャヤカトワンが乗っ取ったシンガサリ王国を滅ぼし、さらに元軍をジャワから追い出して、id:Aria Wirarajaと協力してマジャパヒト王国を建国した。ウィジャヤの即位名をクルタラジャサ＝ジャヤワルダナ（Kertarajasa Jayawardhana）という。王国の都はジャワ島東部プランタス川流域のマジャパヒト（英語版）に置かれた。

マジャパヒトと元朝の関係は当然悪化したが、フビライ・ハーンが死去すると大きく好転し、1295年から1332年の間に10回の朝貢が行われた。

1295年、ウィジャヤは、建国時の闘争中の約束を守り、国を二つに分割し、東部はid:Aria Wirarajaが治めるようになった。東部の首都は現在のLumajangにあった。

1316年、ウィジャヤの息子のジャヤナガラ（英語版）が、Lumajangで現職のPatih・Nambiによる反乱を鎮圧し、東部と西部は再び統一されたとナーガラクルターガマ（英語版）の「王統史（英語版）」に書かれている。

1328年にジャヤナガラ（英語版）が死去すると後継男子がいなかったので、故クルタナガラ王の末娘ラージャパトニに後を継がせたが、ラージャパトニは熱心な仏教徒で出家していたので、娘のトリブワナー（英語版）を摂政として政務を取らせた（インドネシアの歴史教科書『インドネシア国史』 (Sejarah Nasional Indonesia) では、トリブワナが王位に登ったとする。）。この頃、親衛隊長から宰相に抜擢されたガジャ・マダがマジャパヒト王国を最盛期に導くことになる。

宰相ガジャ・マダは1342年にバリ島に侵攻したのを皮切りに、インドネシア各地に対する遠征を行い、スマトラ島のシュリーヴィジャヤ王国を滅ぼして南海の海上交易ルートを掌中に収めた。

最盛期の支配領域はマレー半島のパタニやトゥマシク（シンガポール）、カリマンタン島に及び、東西交通の要衝であるマラッカ海峡とスンダ海峡を制圧した。またタイのアユタヤ王朝やカンボジア、ベトナムとも友好関係を持った。

1350年、ラージャパトニが死去するとトリブワナーの息子ハヤム・ウルク（英語版）がラージャサナガラとして即位した。

1357年、ブバットの戦い（英語版）ではスンダ王国（英語版）を破ったが、両国関係は険悪になった。

「王統史（英語版）」によると、1376年に新しい王国（gunung baru）が誕生した。「明史」によると、1377年にジャワ島の二つの王国から朝貢が行なわれている。西の王が勿労波務、東の王が勿院労網結という名前だったと記録されている。西の王国は、Bhra Prabu（ハヤム・ウルク（英語版））が治めていた。一方、東の王国は、Rajadewiの夫のBhre Wengker（Wijayarajasa）が治めていた。

1377年、ガジャ・マダは既に死んでいたが、マジャパヒト王国はパレンバンに兵を送り、シュリーヴィジャヤ王国を滅亡させた。この時、最後の王子パラメスワラ（英語版）が脱出してマレー半島に逃れ、後にマラッカ王国を建国する。

1389年にハヤム・ウルク（英語版）が死んで、ウィクラマワルダナ（英語版）が跡を継いだ。1398年にWijayarajasaが死ぬと、Bhre Wirabhumiが跡を継いだ。

1404年から1406年にかけて、マジャパヒトの宮廷は東王宮と西王宮に別れ内戦になった（パルグルグ戦争（インドネシア語版））。中国の明王朝は15世紀前半鄭和艦隊を7回にわたって南海に派遣し、ジャワのマジャパヒト王国にも来航し、内戦に巻込まれた。鄭和艦隊の保護下にマラッカ王国が成立すると、南海貿易の中心はマラッカに移り、マジャパヒト王国はこの趨勢を食い止めることができなかった。

15世紀以降はイスラム教が浸透して、マラッカ王国がイスラム化したのを始め、マタラム王国がジャワ北岸のトゥバン、グレシク（英語版）などにもイスラム教国が成立する。

マジャパヒト王国でもクルタウィジャヤ（インドネシア語版）が、息子のブラウィジャヤ5世（インドネシア語版）（シンハウィクラマワルダナ）の妃にチャンパ王国からムスリムの公主を迎え、内政でもイスラームへの改宗を容認した。

ブラウィジャヤ5世の息子ラデン・パタハ（インドネシア語版）がドゥマク王国を建国し、サムドラ・パサイ王国と友好関係を築き、ワリ・サンガによるイスラム教布教によって急速に国力を増大した。1478年、ドゥマク王国はマジャパヒト王国のブラウィジャヤ5世に宗主権を認めさせた。