北海道
北海道では、特別史跡1件を含む計51件が指定されている。
国指定
道南
- 特別史跡
- 史跡
- 大館跡（おおだてあと）〔松前郡松前町〕
- 松前氏城跡（まつまえししろあと）〔松前郡松前町・檜山郡厚沢部町〕1935年6月7日
- 松前藩主松前家墓所（まつまえはんしゅまつまえけぼしょ）〔松前郡松前町〕
- 松前藩戸切地陣屋跡（まつまえはんへきりちじんやあと）〔北斗市〕
- 茂別館跡（もべつたてあと）〔北斗市〕
- 大船遺跡（おおふねいせき）〔函館市〕
- 垣ノ島遺跡（かきのしまいせき）〔函館市〕
- 志苔館跡（しのりたてあと）〔函館市〕
- 四稜郭（しりょうかく）〔函館市〕 1934年1月22日
- 鷲ノ木遺跡（わしのきいせき）〔茅部郡森町〕
- 上之国館跡（かみのくにたてあと）〔檜山郡上ノ国町〕
- 花沢館跡（はなざわだてあと）
- 洲崎館跡（すざきだてあと）
- 勝山館跡（かつやまだてあと）
- ピリカ遺跡（ぴりかいせき）〔瀬棚郡今金町〕
道央
- 史跡
- 大谷地貝塚（おおやちかいづか）〔余市郡余市町〕 1999年5月21日
- 旧下ヨイチ運上家（きゅうしもよいちうんじょうや）〔余市郡余市町〕
- 旧余市福原漁場（きゅうよいちふくはらぎょば）〔余市郡余市町〕
- フゴッペ洞窟（ふごっぺどうくつ）〔余市郡余市町〕
- 忍路環状列石（おしょろかんじょうれっせき）〔小樽市〕
- 手宮洞窟（てみやどうくつ）〔小樽市〕 1921年3月3日
- 開拓使札幌本庁本庁舎跡および旧北海道庁本庁舎（かいたくしさっぽろほんちょうほんちょうしゃあとおよびきゅうほっかいどうちょうほんちょうしゃ）〔札幌市〕
- 琴似屯田兵村兵屋跡（ことにとんでんへいそんへいおくあと）〔札幌市〕 1982年5月7日
- 荘内藩ハママシケ陣屋跡（しょうないはんはまましけじんやあと）〔石狩市〕
- 旧島松駅逓所（きゅうしままつえきていしょ）〔北広島市〕 1984年7月25日
- カリンバ遺跡（かりんばいせき）〔恵庭市〕
- ウサクマイ遺跡群（うさくまいいせきぐん）〔千歳市〕
- キウス周堤墓群（きうすしゅうていぼぐん）〔千歳市〕
- 江別古墳群（えべつこふんぐん）〔江別市〕
- 音江環状列石（おとえかんじょうれっせき）〔深川市〕
- 入江・高砂貝塚（いりえ・たかさごかいづか）〔虻田郡洞爺湖町〕
- 北黄金貝塚（きたこがねかいづか）〔伊達市〕
- 善光寺跡（ぜんこうじあと）〔伊達市〕
- 東蝦夷地南部藩陣屋跡（ひがしえぞちなんぶはんじんやあと）
- 白老仙台藩陣屋跡（しらおいせんだいはんじんやあと）〔白老郡白老町〕
- 静川遺跡（しずかわいせき）〔苫小牧市〕 1987年1月8日
- シベチャリ川流域チャシ跡群及びアッペツチャシ跡（しべちゃりがわりゅういきちゃしあとぐんおよびあっぺつちゃしあと）〔日高郡新ひだか町・沙流郡日高町〕
道北
- 史跡
- 旧留萌佐賀家漁場（きゅうるもいさがけぎょば）〔留萌市〕 1997年3月17日
- 白滝遺跡群（しらたきいせきぐん）〔紋別郡遠軽町〕
- 常呂遺跡（ところいせき）〔北見市〕
- 桂ヶ岡砦跡（かつらがおかちゃしあと）〔網走市〕
- 最寄貝塚（もよろかいづか）〔網走市〕
道東
- 史跡
- オタフンベチャシ跡（おたふんべちゃしあと）〔十勝郡浦幌町〕
- ユクエピラチャシ跡（ゆくえぴらちゃしあと）〔足寄郡陸別町〕
- 釧路川流域チャシ跡群（くしろがわりゅういきちゃしあとぐん）〔釧路市・川上郡弟子屈町・川上郡標茶町・釧路郡釧路町〕2015年3月17日統合・追加指定・名称変更
- 春採台地竪穴群（はるとりだいちたてあなぐん）〔釧路市〕
- 東釧路貝塚（ひがしくしろかいづか）〔釧路市〕
- 北斗遺跡（ほくといせき）〔釧路市〕
- 国泰寺跡（こくたいじあと）〔厚岸郡厚岸町〕
- 旧奥行臼駅逓所（きゅうおくゆきうすえきていしょ）〔野付郡別海町〕
- 標津遺跡群（しべついせきぐん）〔標津郡標津町〕
- 伊茶仁カリカリウス遺跡（いちゃにかりかりうすいせき）
- 古道遺跡（ふるどういせき）
- 三本木遺跡（さんぼんぎいせき）
- 西月ヶ岡遺跡（にしつきがおかいせき）〔根室市〕
- 根室半島チャシ跡群（ねむろはんとうちゃしあとぐん）〔根室市〕1983年4月26日
道指定
北海道指定史跡については北海道指定文化財一覧#史跡を参照のこと。